论文笔记

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2019

NeurIPS-2019 GPipe：基于流水线并行的高效巨型神经网络训练

NeurIPS 系统 2019-12-06 pipeline-parallelism

ICCV-2019 用于视频识别的 SlowFast 网络

ICCV 计算机视觉 2019-10-29 vision-language contrastive-learning

IJCAI-2019 面向源代码变更的提交信息生成

IJCAI 软件工程 2019-08-10 code-understanding

ACL-2019 多任务学习提升神经机器翻译鲁棒性

ACL 语言与智能体 2019-08-01 LLM NLP

arXiv-2019 RoBERTa：稳健优化的 BERT 预训练方法

arXiv 语言与智能体 2019-07-26 LLM NLP

KDD-2019 MeLU：面向冷启动推荐的元学习用户偏好估计器

KDD 信息检索 2019-07-25 meta-learning recommendation-system

OpenAI-2019 语言模型是无监督多任务学习者（GPT-2）

OpenAI 语言与智能体 2019-07-06 LLM NLP

ICSE-2019 生成程序子例程自然语言摘要的神经模型

ICSE 软件工程 2019-05-25 code-summarization

ICSE-2019 基于抽象语法树的新型神经源代码表示

ICSE 软件工程 2019-05-25 GNN code-summarization

arXiv-2019 面向自然语言理解与生成的统一语言模型预训练

arXiv 语言与智能体 2019-05-08 LLM NLP transformer

CVPR-2019 基于不变性与分散性实例特征的无监督嵌入学习

CVPR 计算机视觉 2019-04-03 unsupervised-learning

ICML-2019 NLP 的参数高效迁移学习

ICML 语言与智能体 2019-02-02 LLM NLP

ACS Synthetic Biology-2019 机器学习预测微生物生长温度与酶催化最适条件

ACS Synthetic Biology 生物信息 2019-01-21 protein PLM

NeurIPS-2019 用 TAPE 评估蛋白质迁移学习

NeurIPS 生物信息 2019-01-19 protein PLM benchmark

2020

ECCV-2020 CMC：对比多视图编码

ECCV 计算机视觉 2020-12-18 contrastive-learning

NeurIPS-2020 大型自监督模型是强大的半监督学习者

NeurIPS 计算机视觉 2020-12-06 semi-supervised learning

NeurIPS-2020 自举潜在表示：自监督学习新方法（BYOL）

NeurIPS 计算机视觉 2020-12-06 self-supervised learning

NeurIPS-2020 基于数据增强的图对比学习

NeurIPS 机器学习 2020-12-06 contrastive-learning GNN

NeurIPS-2020 通过对比簇分配的无监督视觉特征学习（SwAV）

NeurIPS 计算机视觉 2020-12-01 unsupervised-learning contrastive-learning

MSR-2020 利用文件上下文注意力改进子例程自动摘要

MSR 软件工程 2020-11-18 code-summarization

SC-2020 ZeRO：面向万亿参数模型训练的内存优化

SC 系统 2020-11-09 distributed-dataflow

arXiv-2020 BYOL 无需批统计依然有效

arXiv 计算机视觉 2020-10-20 vision-language transformer contrastive-learning

KDD-2020 GCC：图神经网络预训练的图对比编码

KDD 机器学习 2020-08-20 contrastive-learning GNN

SIGIR-2020 如何重训推荐系统？一种序列元学习方法

SIGIR 信息检索 2020-07-25 meta-learning recommendation-system

ACL-2020 对比代码表示学习

ACL 软件工程 2020-07-25 code-understanding contrastive-learning

NeurIPS-2020 深度图对比表示学习

NeurIPS 机器学习 2020-07-13 contrastive-learning GNN

ICML-2020 基于图的、从诊断反馈中自监督学习的程序修复

ICML 软件工程 2020-07-13 program-repair GNN

arXiv-2020 神经子图匹配

arXiv 机器学习 2020-07-03 GNN

ICML-2020 视觉表示对比学习的简单框架（SimCLR）

ICML 计算机视觉 2020-07-01 contrastive-learning

ICML-2020 图上的对比多视图表示学习

ICML 机器学习 2020-06-13 contrastive-learning GNN

ECCV-2020 基于 Transformer 的端到端目标检测（DETR）

ECCV 计算机视觉 2020-05-28 transformer object-detection

OpenAI-2020 语言模型是少样本学习者（GPT-3）

OpenAI 语言与智能体 2020-05-14 LLM NLP

ACL-2020 基于 Transformer 的源代码摘要方法

ACL 软件工程 2020-05-01 code-summarization transformer

ICLR-2020 DivideMix：将噪声标签学习视为半监督学习

ICLR 计算机视觉 2020-04-26 noisy label semi-supervised GMM MixMatch

Transactions on Neural Networks and Learning Systems-2020 图神经网络综合综述

Transactions on Neural Networks and Learning Systems 机器学习 2020-03-24 GNN

CVPR-2020 用于无监督视觉表示学习的动量对比（MoCo）

CVPR 计算机视觉 2020-03-23 vision-language contrastive-learning

GTC-2020 Megatron-LM：基于模型并行训练百亿参数语言模型

GTC 系统 2020-03-13 model-parallelism

2021

Human Genetics-2021 蛋白质语言模型嵌入预测保守性与变异效应

Human Genetics 生物信息 2021-12-30 protein PLM fitness-prediction

KDD-2021 基于大规模预训练语言模型的蛋白质建模

KDD 生物信息 2021-12-07 protein PLM

NeurIPS-2021 VLMo：基于模态专家混合的统一视觉-语言预训练

NeurIPS 计算机视觉 2021-12-01 vision-language contrastive-learning transformer

NeurIPS-2021 视觉 Transformer 的有趣特性

NeurIPS 计算机视觉 2021-11-25 vision-language transformer

NeurIPS-2021 语言模型实现突变对蛋白质功能影响的零样本预测

NeurIPS 生物信息 2021-11-10 protein PLM fitness-prediction

NeurIPS-2021 先对齐后融合：基于动量蒸馏的视觉-语言表示学习（ALBEF）

NeurIPS 计算机视觉 2021-11-10 vision-language

Bioinformatics Advances-2021 轻量注意力从生命语言中预测蛋白质定位

Bioinformatics Advances 生物信息 2021-11-09 protein localization PLM

CVPR-2021 掩码自编码器是可扩展的视觉学习者（MAE）

CVPR 计算机视觉 2021-11-06 vision-language Transformer

EMNLP-2021 重新思考低资源神经机器翻译的数据增强：多任务学习方法

EMNLP 语言与智能体 2021-11-01 LLM NLP

NeurIPS-2021 FLIP：蛋白质适应度景观推断基准任务

NeurIPS 生物信息 2021-10-11 protein benchmark

arXiv-2021 ActionCLIP：视频动作识别新范式

arXiv 计算机视觉 2021-09-17 video action-recognition contrastive-learning

ICLR-2021 GraphCodeBERT：基于数据流的代码表示预训练

ICLR 软件工程 2021-09-13 code-understanding transformer GNN

EMNLP-2021 CodeT5：标识符感知的代码理解与生成统一预训练编码器-解码器模型

EMNLP 软件工程 2021-09-02 code-understanding transformer

bioRxiv-2021 面向蛋白质设计的更通用嵌入：融合序列与结构的联合表示

bioRxiv 生物信息 2021-09-01 protein PLM fitness-prediction

ICCV-2021 Swin Transformer：基于移位窗口的层次化视觉 Transformer

ICCV 计算机视觉 2021-08-17 vision-language transformer

ACL-2021 学习序列与结构信息用于源代码摘要

ACL 软件工程 2021-08-10 Transformer GNN

ICSME-2021 子例程神经源代码摘要的集成模型

ICSME 软件工程 2021-07-23 code-summarization

IJCAI-2021 计算笔记本中图增强的代码摘要

IJCAI 软件工程 2021-07-23 code-summarization GNN

Nature-2021 AlphaFold：高精度蛋白质结构预测

Nature 生物信息 2021-07-15 protein PLM structure prediction

OpenAI-2021 评估代码上训练的大语言模型（Codex）

OpenAI 软件工程 2021-07-14 LLM code-generation

arXiv-2021 CLIP 能为视觉-语言任务带来多大收益

arXiv 计算机视觉 2021-07-06 vision-language contrastive-learning

IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence-2021 ProtTrans：通过自监督学习破译生命密码的语言

IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence 生物信息 2021-07-01 protein PLM transformer self-supervised

ICML-2021 Perceiver：基于迭代注意力的通用感知

ICML 计算机视觉 2021-06-23 vision-language

arXiv-2021 CLIP4Clip：CLIP 端到端视频片段检索的实证研究

arXiv 计算机视觉 2021-05-08 Video Contrastive Learning

Proceedings of the National Academy of Sciences-2021 无监督学习扩展至 2.5 亿条蛋白质序列涌现生物结构与功能

Proceedings of the National Academy of Sciences 生物信息 2021-04-05 protein PLM

ICCV-2021 自监督视觉 Transformer 训练的实证研究

ICCV 计算机视觉 2021-04-05 vision-language

ICPC-2021 基于多模态 Transformer 的智能合约代码摘要方法

ICPC 软件工程 2021-03-12 transformer code-summarization

ICML-2021 从自然语言监督中学习可迁移视觉模型（CLIP）

ICML 计算机视觉 2021-02-26 vision-language contrastive-learning

ICML-2021 E(n) 等变图神经网络

ICML 生物信息 2021-02-19 GNN

ICML-2021 MSA Transformer

ICML 生物信息 2021-02-13 protein PLM

ICML-2021 ViLT：无卷积无区域监督的视觉-语言 Transformer

ICML 计算机视觉 2021-02-05 vision-language contrastive-learning transformer

Bioinformatics-2021 DNABERT：面向基因组 DNA 语言的预训练双向 Transformer 编码模型

Bioinformatics 生物信息 2021-02-04 DNA genomics PLM

ICML-2021 从数百万预测结构中学习逆折叠

ICML 生物信息 2021-02-02 protein inverse folding PLM GNN

Automated Software Engineering-2021 自动化即时注释更新

Automated Software Engineering 软件工程 2021-01-27 code-summarization

GCPR-2021 AudioCLIP：将 CLIP 扩展至图像、文本与音频

GCPR 计算机视觉 2021-01-24 vision-language transformer contrastive-learning

ICLR-2021 用几何向量感知机从蛋白质结构中学习

ICLR 生物信息 2021-01-13 protein GNN inverse folding

ICLR-2021 预训练语言模型微调的有监督对比学习

ICLR 语言与智能体 2021-01-13 LLM NLP

ICLR-2021 一张图抵 16x16 个词：大规模图像识别的 Transformer（ViT）

ICLR 计算机视觉 2021-01-13 vision-language transformer

ICML-2021 时空注意力是视频理解所需的一切吗

ICML 计算机视觉 2021-01-09 video vision-language transformer

ACL-2021 基于结构诱导 Transformer 的代码摘要

ACL 软件工程 2021-01-01 code-summarization transformer

2022

NeurIPS-2022 PEER：蛋白质序列理解的综合多任务基准

NeurIPS 生物信息 2022-12-01 protein benchmark PLM

bioRxiv-2022 基于结构图嵌入的快速蛋白质结构搜索

bioRxiv 生物信息 2022-11-28 protein PLM alignment

NeurIPS-2022 Transformer 记忆作为可微搜索索引

NeurIPS 信息检索 2022-11-28 transformer

EMNLP-2021 HAConvGNN：基于层次注意力的卷积图神经网络用于 Jupyter 笔记本代码文档生成

EMNLP 软件工程 2022-11-10 code-documentation GNN

arXiv-2022 语言模型的整体评估（HELM）

arXiv 语言与智能体 2022-11-09 LLM NLP

NeurIPS-2022 基于扩散生成模型的抗原特异性抗体设计与优化

NeurIPS 生物信息 2022-11-01 protein antibody diffusion GNN

NeurIPS-2022 用于文档检索的神经语料索引器

NeurIPS 信息检索 2022-11-01 document-retrieval

PEDS-2022 用于蛋白质表示学习的掩码逆折叠与序列迁移

PEDS 生物信息 2022-10-26 protein PLM

ICPC-2022 HELoC：源代码表示的层次化对比学习

ICPC 软件工程 2022-10-20 contrastive-learning GNN

MM-2022 语言能理解深度吗

MM 计算机视觉 2022-10-10 vision-language contrastive-learning

OpenAI-2022 基于大规模弱监督的鲁棒语音识别（Whisper）

NeurIPS 机器学习 2022-10-06 speech-recognition transformer

Nature Biotechnology-2022 基于语言模型与深度学习的单序列蛋白质结构预测

Nature Biotechnology 生物信息 2022-10-03 protein PLM structure prediction

EMNLP-2020 CodeBERT：面向编程语言与自然语言的预训练模型

EMNLP 软件工程 2022-09-18 code-understanding transformer

NeurIPS-2022 CoCa：对比字幕器即图像-文本基础模型

NeurIPS 计算机视觉 2022-08-27 vision-language contrastive-learning

NAACL-2022 MoEBERT：基于重要性引导适配从 BERT 到混合专家模型

NAACL 语言与智能体 2022-07-29 LLM NLP

SIGGRAPH-2022 CLIPasso：语义感知的目标素描

SIGGRAPH 计算机视觉 2022-07-22 contrastive-learning

CVPR-2022 GroupViT：文本监督下涌现的语义分割

CVPR 计算机视觉 2022-07-18 video vision-language

ECCV-2022 CDS：对比深度监督

ECCV 计算机视觉 2022-07-12 contrastive-learning

ICSE-2022 AST-trans：基于高效树结构注意力的代码摘要

ICSE 软件工程 2022-07-05 code-summarization

ICSE-2022 基于少样本元学习的跨领域深度代码搜索

ICSE 软件工程 2022-07-05 code-search meta-learning

AAAI-2022 用于语法感知摘要的层次化异构图注意力网络

AAAI 软件工程 2022-06-28 code-summarization GNN

CVPR-2022 PointCLIP：用 CLIP 理解点云

CVPR 计算机视觉 2022-06-23 vision-language contrastive-learning

arXiv-2022 从小型本地数据集学习代码摘要

arXiv 软件工程 2022-06-08 Transformer GNN

arXiv-2022 GLIPv2：统一定位与视觉-语言理解

arXiv 计算机视觉 2022-06-05 vision-language contrastive-learning object-detection

Journal of Systems and Software-2022 基于图注意力网络的自动源代码摘要

Journal of Systems and Software 软件工程 2022-06-01 code-summarization GNN

ICML-2022 Tranception：结合自回归 Transformer 与推理时检索的蛋白质适应度预测

ICML 生物信息 2022-05-27 protein PLM fitness-prediction

ICML-2016 用于源代码极致摘要的卷积注意力网络

ICML 软件工程 2022-05-25 convolutional-neural-network code-summarization

ACL-2022 评估方法对代码摘要的影响

ACL 软件工程 2022-05-20 code-summarization

NAACL-2022 CODE-MVP：基于对比预训练的多视图源代码表示学习

NAACL 软件工程 2022-05-04 code-summarization transformer contrastive-learning

arXiv-2022 结构代码理解的深度学习模型综述

arXiv 软件工程 2022-05-01 code-understanding

NAR-2022 DeepLoc 2.0：基于蛋白质语言模型的多标签亚细胞定位预测

Nucleic Acids Research 生物信息 2022-04-30 protein localization PLM

arXiv-2022 基于人类反馈强化学习训练有益且无害的助手

arXiv 语言与智能体 2022-04-16 LLM NLP transformer

OpenAI-2022 基于 CLIP 潜在表示的层次化文本条件图像生成（DALL·E 2）

OpenAI 计算机视觉 2022-04-13 vision-language contrastive-learning

MLSys-2022 Pathways：面向机器学习的异步分布式数据流

MLSys 系统 2022-03-23 distributed-dataflow

Nature Machine Intelligence-2022 用语言模型学习蛋白质功能特性

Nature Machine Intelligence 生物信息 2022-03-21 protein PLM functional prediction

OpenAI-2022 基于人类反馈训练遵循指令的语言模型（InstructGPT）

OpenAI 语言与智能体 2022-03-16 LLM NLP transformer

DeepMind-2022 AlphaCode：竞赛级代码生成

DeepMind 软件工程 2022-03-07 code-generation

Stanford-2022 AI 指数报告

Stanford 机器学习 2022-03-02 other

报告地址：AI Index Report，数据大多来源于paper with code 因为涉及图片太多了，这里就不一一截取了

Frontiers in Microbiology-2022 iThermo：基于多特征融合策略的嗜热蛋白序列识别模型

Frontiers in Microbiology 生物信息 2022-02-22 protein

ICLR-2022 用于抗体序列-结构协同设计的迭代优化图神经网络

ICLR 生物信息 2022-01-29 protein antibody GNN

ICLR-2022 OntoProtein：融合基因本体嵌入的蛋白质预训练

ICLR 生物信息 2022-01-29 protein PLM

ICLR-2022 LoRA：大语言模型的低秩适配

ICLR 语言与智能体 2022-01-29 LLM NLP

ICLR-2022 基于视觉-语言知识蒸馏的开放词汇目标检测

ICLR 计算机视觉 2022-01-29 vision-language contrastive-learning object-detection

ICLR-2022 Perceiver IO：结构化输入输出的通用架构

ICLR 计算机视觉 2022-01-29 vision-language

NeurIPS-2022 思维链提示激发大语言模型推理能力

NeurIPS 语言与智能体 2022-01-28 LLM NLP

ICML-2022 BLIP：自举语言-图像预训练实现统一视觉-语言理解与生成

ICML 计算机视觉 2022-01-24 vision-language transformer contrastive-learning

Nature Biotechnology-2022 从进化数据与实验标注数据中学习蛋白质适应度模型

Nature Biotechnology 生物信息 2022-01-17 protein PLM fitness-prediction

CVPR-2022 定位式语言-图像预训练（GLIP）

CVPR 计算机视觉 2022-01-17 LLM NLP vision-language

Journal of Machine Learning Research-2022 Switch Transformer：以简单高效稀疏性扩展至万亿参数模型

Journal of Machine Learning Research 语言与智能体 2022-01-16 LLM NLP transformer

ICLR-2022 语言驱动的语义分割

ICLR 计算机视觉 2022-01-10 LLM NLP vision-language

ACM Computing Surveys-2022 推荐系统中的深度元学习综述

ACM Computing Surveys 信息检索 2022-01-09 meta-learning recommendation-system

2023

bioRxiv-2023 IgDesign：逆折叠实现多治疗抗原的体外验证抗体设计

bioRxiv 生物信息 2023-12-08 protein antibody inverse folding protein-design

bioRxiv-2023 用语言模型学习蛋白质序列、结构与功能表示

bioRxiv 生物信息 2023-11-26 protein PLM function MOE

Nature Biotechnology-2023 基于深度学习的蛋白质远程同源检测与结构比对

Nature Biotechnology 生物信息 2023-11-07 protein homology

NeurIPS-2023 PoET：将蛋白质家族建模为序列之序列的生成模型

NeurIPS 生物信息 2023-11-01 protein PLM fitness-prediction

EMNLP-2023 BioPlanner：自动评估 LLM 的生物学实验方案规划能力

EMNLP 生物信息 2023-10-08 Agent，LLM

NeurIPS-2023 ProteinGym：蛋白质设计与适应度预测的大规模基准

NeurIPS 生物信息 2023-09-30 protein PLM benchmark

NeurIPS-2023 预测蛋白质在百万级突变下的稳定性

NeurIPS 生物信息 2023-09-22 protein fitness-prediction

bioRxiv-2023 进化扩散生成蛋白质：序列即一切

bioRxiv 生物信息 2023-09-11 protein PLM protein-design

KDD-2023 面向抗原特异性计算抗体设计的抗体语言模型预训练

KDD 生物信息 2023-08-04 protein antibody GNN PLM

ICML-2023 端到端全原子抗体设计

ICML 生物信息 2023-06-15 protein antibody GNN

Nature Machine Intelligence-2023 面向可泛化表示学习的结构诱导预训练

Nature Machine Intelligence 生物信息 2023-06-01 pre-training PLM

Nature Biotechnology-2023 Foldseek：快速准确的蛋白质结构搜索

Nature Biotechnology 生物信息 2023-05-08 protein alignment

Science-2023 语言模型实现进化尺度的原子级蛋白质结构预测

Science 生物信息 2023-03-16 protein PLM structure prediction

Bioinformatics-2023 通过学习残基简洁局部环境实现准确高效的蛋白质序列设计

Bioinformatics 生物信息 2023-03-14 protein protein-design GNN PLM

CVPR-2020 动量对比学习的改进基线（MoCo v2）

CVPR 计算机视觉 2023-03-09 vision-language

ICLRw-2023 基于结构编码器与预训练增强蛋白质语言模型

ICLRw 生物信息 2023-03-06 PLM GNN

ICML-2023 结构信息语言模型即蛋白质设计者

ICML 生物信息 2023-02-09 protein PLM protein-design

ICLR-2023 AIM：适配图像模型实现高效视频动作识别

ICLR 计算机视觉 2023-02-06 video action-recognition

ICLR-2023 基于 3D 等变图翻译的条件抗体设计

ICLR 生物信息 2023-02-02 protein antibody GNN

International Journal of Molecular Sciences-2023 DeepTP：嗜热蛋白预测的深度学习模型

International Journal of Molecular Sciences 生物信息 2023-01-22 protein

bioRxiv-2023 Ankh：优化的蛋白质语言模型解锁通用建模

bioRxiv 生物信息 2023-01-16 protein PLM language-model

CVPR-2023 图像即外语：BEiT 预训练统一视觉与视觉-语言任务

CVPR 计算机视觉 2023-01-15 vision-language

WACV-2023 MixGen：新型多模态数据增强

WACV 计算机视觉 2023-01-09 vision-language data-augmentation

bioRxiv-2023 当几何深度学习遇见预训练蛋白质语言模型

bioRxiv 生物信息 2023-01-05 protein PLM GNN

2024

PLOS Computational Biology-2024 大规模配对抗体语言模型

PLOS Computational Biology 生物信息 2024-12-06 protein antibody PLM

bioRxiv-2024 混合专家模型实现高效蛋白质理解与设计

bioRxiv 生物信息 2024-11-29 protein language-model

Bioinformatics-2024 专家引导的蛋白质语言模型实现准确且极速的适应度预测

Bioinformatics 生物信息 2024-11-22 protein fitness-prediction PLM

Nature Communications-2024 蛋白质序列-结构联合嵌入实现稳健的变异效应预测

Nature Communications 生物信息 2024-11-07 protein fitness-prediction PLM

arXiv-2024 Movie Gen：媒体基础模型家族

arXiv 计算机视觉 2024-10-24 video-generation

Nature Computational Science-2025 几何学习与预训练策略改进蛋白质突变稳定性预测

Nature Computational Science 生物信息 2024-10-03 GNN protein fitness-prediction

NeurIPS-2024 面向蛋白质适应度预测的多尺度表示学习

NeurIPS 生物信息 2024-09-26 GNN protein fitness-prediction

Nature Biotechnology-2024 基于 RoseTTAFold 序列空间扩散的多态与功能蛋白质设计

Nature Biotechnology 生物信息 2024-09-25 protein diffusion protein-design

ACL Demo-2024 LlamaFactory：100+ 语言模型的统一高效微调

ACL 语言与智能体 2024-08-23 LLM NLP

ICML-2024 特征复用与扩展：理解蛋白质语言模型的迁移学习

ICML 生物信息 2024-06-21 protein PLM transfer learning

Nature Communications-2024 PLMSearch：蛋白质语言模型驱动准确快速的远程同源序列搜索

Nature Communications 生物信息 2024-03-30 protein PLM alignment

Cell Systems-2024 卷积在蛋白质序列预训练中可与 Transformer 媲美

Cell Systems 生物信息 2024-03-20 protein PLM CNN transformer

eLife-2024 基于蛋白质语言模型局部位置嵌入比对的灵敏远程同源搜索

eLife 生物信息 2024-03-15 protein homology PLM

AAAI-2024 T2I-Adapter：学习适配器挖掘文生图扩散模型的可控能力

AAAI 计算机视觉 2024-02-20 vision-language diffusion

Journal of Chemical Information and Modeling-2024 TM-search：高效准确的蛋白质结构数据库搜索工具

Journal of Chemical Information and Modeling 生物信息 2024-01-25 protein structure search

ICLR-2024 SaProt：结构感知词表的蛋白质语言建模

ICLR 生物信息 2024-01-16 protein PLM

Bioinformatics-2024 基于嵌入的比对：蛋白质语言模型结合动态规划检测暮光区结构相似性

Bioinformatics 生物信息 2024-01-04 protein PLM alignment

2025

arXiv-2025 评估大语言模型在科学发现中的能力

arXiv 语言与智能体 2025-12-17 Agent LLM NLP

NeurIPS-2025 AI-Researcher：自主科学创新

NeurIPS 语言与智能体 2025-12-08 Agent NLP LLM

EMNLP-2025 从自动化到自主：大语言模型在科学发现中的综述

EMNLP 语言与智能体 2025-11-04 Agent NLP LLM

Nature Biotechnology-2025 蛋白质语言模型训练、共享与协作的民主化

Nature Biotechnology 生物信息 2025-10-24 protein

ACEBench：谁赢得工具使用的赛点

arXiv 语言与智能体 2025-09-08 Agent LLM NLP

Genome Biology-2025 评估预训练 DNA 语言模型在调控基因组学中的表示能力

Genome Biology 生物信息 2025-06-14 DNA genomics PLM

ICMLw-2025 ProteinCrow：能设计蛋白质的语言模型智能体

ICMLw 生物信息 2025-05-01 protein Agent

arXiv-2025 规模化解锁更广泛的蛋白质生成与更深入的功能理解

arXiv 生物信息 2025-04-15 GNN protein protein-design transformer

arXiv-2025 AI Scientist-v2：基于智能体树搜索的研讨会级自动科学发现

arXiv 语言与智能体 2025-04-10 Agent LLM NLP

arXiv-2025 Prot42：面向靶点感知蛋白质结合体生成的新型蛋白质语言模型家族

arXiv 生物信息 2025-04-06 GNN protein protein-design

COLING-2025 AutoProteinEngine：LLM 驱动的蛋白质工程多模态 AutoML 智能体框架

COLING 生物信息 2025-01-24 protein Agent

Nature Computational Science-2025 SciToolAgent：知识图谱驱动的多工具集成科学智能体

Nature Computational Science 语言与智能体 2025-01-24 Agent LLM

ICLR-2025 Boltzmann 对齐逆折叠模型预测突变对蛋白质相互作用的影响

ICLR 生物信息 2025-01-23 protein fitness-prediction PPI

ICLR-2025 检索增强扩散模型用于结构信息抗体设计与优化

ICLR 生物信息 2025-01-23 GNN antibody

ICLR-2025 ToolACE：赢得 LLM 函数调用的关键分

ICLR 语言与智能体 2025-01-23 LLM NLP Agent

Science-2025 用语言模型模拟 5 亿年进化

Science 生物信息 2025-01-16 protein evolution PLM generative