开源项目

arXiv 2026 · 平台工具 · 2026

VenusFactory2

免费 Web 平台，以智能体编排蛋白发现与定向进化，浏览器内集成 Venus / Prot* 模型。

arXiv 2026 · 智能体 · 2026

VenusRAR

两阶段智能体框架：先集成 PLM 排序，再用生物物理链式推理审核候选突变。

ICLR 2026 · 基准评测 · 2026

VenusX

面向残基、片段与结构域级功能注释与配对的大规模基准。

资源导航 · 大语言模型 · 2025

中医大模型

汇总中医大模型论文、开源权重、评测、数据集与行业动态，与 Awesome-TCM-LLM 同源维护。

ACL Demo 2025 · 平台工具 · 2025

VenusFactory

将数据检索与语言模型微调整合为开放工具箱，服务蛋白工程流程。

ISMB/ECCB 2025 · 适应度预测 · 2025

VenusREM

从高通量评估到湿实验：用 MSA 检索增强适应度预测。

eLife 2025 · 蛋白质语言模型 · 2025

ProtSSN

语义与几何联合编码，提升生物活性与热稳定性预测；推理无需 MSA。

ICLR 2025 · 适应度预测 · 2025

VenusVaccine

双注意力多模态抗原编码，区分保护性与非保护性抗原。

IEEE BIBM 2024 · 适应度预测 · 2024

ProtSolM

融合序列、结构与理化特征进行溶解度预测。

IEEE BIBM 2024 · 蛋白质语言模型 · 2024

ProtLOCA

不依赖氨基酸类型嵌入，仅用结构信息进行同源检测与局部结构匹配。

NeurIPS 2024 · 蛋白质语言模型 · 2024

ProSST

预训练序列–结构 Transformer，将局部结构量化为离散 token，并以解耦注意力融合序列与结构。

JCIM 2024 · 适应度预测 · 2024

SES-Adapter

简单高效可扩展：结构序列化 + 跨模态注意力，提升蛋白质语言模型在适应度相关下游任务上的表现。

J. Cheminformatics 2024 · 基准评测 · 2024

PETA

系统评估子词分词如何影响蛋白质预训练与下游迁移表现。

计算机生物学与医学 2024 · 大语言模型 · 2024

MedChatZH

基于百川-7B，在中医典籍与医疗指令对话上微调，支持中文临床与中医问答。