Yang Tan

谭扬 (Yang Tan)

华理 → 交大 & 创智学院

谭扬（Yang Tan）——上海交通大学与上海创智学院博士生，研究方向为 AI for Biology、蛋白质语言模型与中医大模型

我是谭扬（Yang Tan），现于上海交通大学与上海创智学院攻读博士学位，导师为洪亮教授，联培导师为董楠卿教授。2025 年获华东理工大学计算机科学与技术硕士学位（GPA 3.8/4.0，专业第一），2022 年获软件工程学士学位（GPA 3.8/4.0，专业第一）。

研究方向位于人工智能与生物学交叉（AI for Biology）：

  • 人工智能：大语言模型、图神经网络、智能体工作流
  • 生物学：定向进化、功能预测、蛋白质设计

已在 AI4Bio 相关方向发表论文 20 余篇（含 NeurIPS、ICLR、eLife 等），并担任 NMI、JCTC、ICLR 等审稿人。此外，我长期维护 中医大模型资源大全（Awesome-TCM-LLM），持续收录中医药大语言模型的模型发布、论文、评测基准与开放数据集。

🔥 新闻

📝 代表性论文

* 表示共同一作。

✈️ 会议论文

ICLR 2026
VenusX: fine-grained protein functional understanding benchmark

VenusX: Unlocking Fine-Grained Functional Understanding of Proteins

Yang Tan, Wenrui Gou, Bozitao Zhong, Huiqun Yu, Liang Hong, Bingxin Zhou

ACL Demo 2025
VenusFactory: integrated protein engineering system

VenusFactory: An Integrated System for Protein Engineering with Data Retrieval and Language Model Fine-Tuning

Yang Tan, Chen Liu, Jingyuan Gao, Banghao Wu, Mingchen Li, Ruilin Wang, Lingrong Zhang, Huiqun Yu, Guisheng Fan, Liang Hong, Bingxin Zhou

ISMB/ECCB 2025
VenusREM: retrieval-enhanced mutation effect prediction

From high-throughput evaluation to wet-lab studies: advancing mutation effect prediction with a retrieval-enhanced model

Yang Tan, Ruilin Wang, Banghao Wu, Liang Hong, Bingxin Zhou

ICLR 2025
VenusVaccine: immunogenicity prediction for vaccine targets

Immunogenicity Prediction with Dual Attention Enables Vaccine Target Selection

Song Li*, Yang Tan*, Song Ke, Liang Hong, Bingxin Zhou

NeurIPS 2024
ProSST: protein language modeling with quantized structure

ProSST: Protein Language Modeling with Quantized Structure and Disentangled Attention

Mingchen Li*, Yang Tan*, Xinzhu Ma, Bozitao Zhong, Huiqun Yu, Ziyi Zhou, Wanli Ouyang, Bingxin Zhou, Pan Tan, Liang Hong

📚 期刊论文

eLife 2025
ProtSSN: semantical and geometrical protein encoding

Semantical and geometrical protein encoding toward enhanced bioactivity and thermostability

Yang Tan, Bingxin Zhou, Lirong Zheng, Guisheng Fan, Liang Hong

Comput. Biol. Med. 2024
MedChatZH: TCM consultation large language model

MedChatZH: A tuning LLM for traditional Chinese medicine consultations

Yang Tan, Zhixing Zhang, Mingchen Li, Fei Pan, Hao Duan, Zijie Huang, Hua Deng, Zhuohang Yu, Chen Yang, Guoyang Shen, Peng Qi, Chengyuan Yue, Yuxian Liu, Liang Hong, Huiqun Yu, Guisheng Fan, Yun Tang

J. Chem. Inf. Model. 2024
SES-Adapter: structure-aware adapters for protein language models

Simple, efficient, and scalable structure-aware adapter boosts protein language models

Yang Tan, Mingchen Li, Bingxin Zhou, Bozitao Zhong, Lirong Zheng, Pan Tan, Ziyi Zhou, Huiqun Yu, Guisheng Fan, Liang Hong

J. Cheminformatics 2024
PETA: protein transfer learning with sub-word tokenization

PETA: evaluating the impact of protein transfer learning with sub-word tokenization on downstream applications

Yang Tan, Mingchen Li, Ziyi Zhou, Pan Tan, Huiqun Yu, Guisheng Fan, Liang Hong

🏆 荣誉奖项

  • 2026，WAIC 2026 镇馆之宝，MatwingsVenus（晓鹜），项目负责人，博士
  • 2026，上海创智学院学生项目（125万元），项目负责人，博士
  • 2025，青年科技人才培育工程（4万元），中国科协，博士
  • 2025/2022，上海市优秀毕业生，硕士/本科
  • 2025，寰创企业奖学金（5千元，全校 10 人），硕士
  • 2024，年度大学生，华东理工大学
  • 2024/2020，研究生/本科生国家奖学金（2万元/8千元），硕士/本科
  • 2023，铜奖，全国“挑战杯”竞赛
  • 2022，银奖，上海市“互联网+”竞赛
  • 2022，阿科玛学士奖学金（6千元，全校 3 人），本科
  • 2021/2020，二等奖/三等奖，全国大学生计算机设计大赛
  • 2021/2020，特等奖学金，华东理工大学
  • 2021，国家级大学生创新创业训练计划（2万元），项目负责人
  • 2019，凌码企业奖学金（4千元，全校 4 人），本科
  • 2018，重庆市沙坪坝区科技创新区长奖
  • 2017，世界锦标赛三等奖，美国休斯敦 FIRST Tech Challenge，队长
  • 2017，优秀项目，重庆市青年创新人才培育雏鹰计划（4万元），项目负责人
  • 2017/2016，一等奖/二等奖，中国 FIRST Tech Challenge，队长

🎤 报告

📰 媒体报道

📖 教育经历

  • 2025.09 - 至今，上海交通大学 & 上海创智学院，计算机科学博士在读
  • 2022.06 - 2025.06，华东理工大学，计算机科学与技术硕士，GPA 3.8/4.0，专业第一
  • 2018.09 - 2022.06，华东理工大学，软件工程学士，GPA 3.8/4.0，专业第一