生物信息 — 论文笔记
蛋白质模型、分子设计与生物医学 AI
2019
2021
Human Genetics-2021 蛋白质语言模型嵌入预测保守性与变异效应
2021-12-30 · protein, PLM, fitness-prediction
KDD-2021 基于大规模预训练语言模型的蛋白质建模
2021-12-07 · protein, PLM
NeurIPS-2021 语言模型实现突变对蛋白质功能影响的零样本预测
2021-11-10 · protein, PLM, fitness-prediction
Bioinformatics Advances-2021 轻量注意力从生命语言中预测蛋白质定位
2021-11-09 · protein, localization, PLM
NeurIPS-2021 FLIP：蛋白质适应度景观推断基准任务
2021-10-11 · protein, benchmark
bioRxiv-2021 面向蛋白质设计的更通用嵌入：融合序列与结构的联合表示
2021-09-01 · protein, PLM, fitness-prediction
Nature-2021 AlphaFold：高精度蛋白质结构预测
2021-07-15 · protein, PLM, structure prediction
IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence-2021 ProtTrans：通过自监督学习破译生命密码的语言
2021-07-01 · protein, PLM, transformer, self-supervised
Proceedings of the National Academy of Sciences-2021 无监督学习扩展至 2.5 亿条蛋白质序列涌现生物结构与功能
2021-04-05 · protein, PLM
ICML-2021 E(n) 等变图神经网络
2021-02-19 · GNN
ICML-2021 MSA Transformer
2021-02-13 · protein, PLM
Bioinformatics-2021 DNABERT：面向基因组 DNA 语言的预训练双向 Transformer 编码模型
2021-02-04 · DNA, genomics, PLM
ICML-2021 从数百万预测结构中学习逆折叠
2021-02-02 · protein, inverse folding, PLM, GNN
ICLR-2021 用几何向量感知机从蛋白质结构中学习
2021-01-13 · protein, GNN, inverse folding
2022
NeurIPS-2022 PEER：蛋白质序列理解的综合多任务基准
2022-12-01 · protein, benchmark, PLM
bioRxiv-2022 基于结构图嵌入的快速蛋白质结构搜索
2022-11-28 · protein, PLM, alignment
NeurIPS-2022 基于扩散生成模型的抗原特异性抗体设计与优化
2022-11-01 · protein, antibody, diffusion, GNN
PEDS-2022 用于蛋白质表示学习的掩码逆折叠与序列迁移
2022-10-26 · protein, PLM
Nature Biotechnology-2022 基于语言模型与深度学习的单序列蛋白质结构预测
2022-10-03 · protein, PLM, structure prediction
ICML-2022 Tranception：结合自回归 Transformer 与推理时检索的蛋白质适应度预测
2022-05-27 · protein, PLM, fitness-prediction
NAR-2022 DeepLoc 2.0：基于蛋白质语言模型的多标签亚细胞定位预测
2022-04-30 · protein, localization, PLM
Nature Machine Intelligence-2022 用语言模型学习蛋白质功能特性
2022-03-21 · protein, PLM, functional prediction
Frontiers in Microbiology-2022 iThermo：基于多特征融合策略的嗜热蛋白序列识别模型
2022-02-22 · protein
ICLR-2022 用于抗体序列-结构协同设计的迭代优化图神经网络
2022-01-29 · protein, antibody, GNN
ICLR-2022 OntoProtein：融合基因本体嵌入的蛋白质预训练
2022-01-29 · protein, PLM
Nature Biotechnology-2022 从进化数据与实验标注数据中学习蛋白质适应度模型
2022-01-17 · protein, PLM, fitness-prediction
2023
bioRxiv-2023 IgDesign：逆折叠实现多治疗抗原的体外验证抗体设计
2023-12-08 · protein, antibody, inverse folding, protein-design
bioRxiv-2023 用语言模型学习蛋白质序列、结构与功能表示
2023-11-26 · protein, PLM, function, MOE
Nature Biotechnology-2023 基于深度学习的蛋白质远程同源检测与结构比对
2023-11-07 · protein, homology
NeurIPS-2023 PoET：将蛋白质家族建模为序列之序列的生成模型
2023-11-01 · protein, PLM, fitness-prediction
EMNLP-2023 BioPlanner：自动评估 LLM 的生物学实验方案规划能力
2023-10-08 · Agent，LLM
NeurIPS-2023 ProteinGym：蛋白质设计与适应度预测的大规模基准
2023-09-30 · protein, PLM, benchmark
NeurIPS-2023 预测蛋白质在百万级突变下的稳定性
2023-09-22 · protein, fitness-prediction
bioRxiv-2023 进化扩散生成蛋白质：序列即一切
2023-09-11 · protein, PLM, protein-design
KDD-2023 面向抗原特异性计算抗体设计的抗体语言模型预训练
2023-08-04 · protein, antibody, GNN, PLM
ICML-2023 端到端全原子抗体设计
2023-06-15 · protein, antibody, GNN
Nature Machine Intelligence-2023 面向可泛化表示学习的结构诱导预训练
2023-06-01 · pre-training, PLM
Nature Biotechnology-2023 Foldseek：快速准确的蛋白质结构搜索
2023-05-08 · protein, alignment
Science-2023 语言模型实现进化尺度的原子级蛋白质结构预测
2023-03-16 · protein, PLM, structure prediction
Bioinformatics-2023 通过学习残基简洁局部环境实现准确高效的蛋白质序列设计
2023-03-14 · protein, protein-design, GNN, PLM
ICLRw-2023 基于结构编码器与预训练增强蛋白质语言模型
2023-03-06 · PLM, GNN
ICML-2023 结构信息语言模型即蛋白质设计者
2023-02-09 · protein, PLM, protein-design
ICLR-2023 基于 3D 等变图翻译的条件抗体设计
2023-02-02 · protein, antibody, GNN
International Journal of Molecular Sciences-2023 DeepTP：嗜热蛋白预测的深度学习模型
2023-01-22 · protein
bioRxiv-2023 Ankh：优化的蛋白质语言模型解锁通用建模
2023-01-16 · protein, PLM, language-model
bioRxiv-2023 当几何深度学习遇见预训练蛋白质语言模型
2023-01-05 · protein, PLM, GNN
2024
PLOS Computational Biology-2024 大规模配对抗体语言模型
2024-12-06 · protein, antibody, PLM
bioRxiv-2024 混合专家模型实现高效蛋白质理解与设计
2024-11-29 · protein, language-model
Bioinformatics-2024 专家引导的蛋白质语言模型实现准确且极速的适应度预测
2024-11-22 · protein, fitness-prediction, PLM
Nature Communications-2024 蛋白质序列-结构联合嵌入实现稳健的变异效应预测
2024-11-07 · protein, fitness-prediction, PLM
Nature Computational Science-2025 几何学习与预训练策略改进蛋白质突变稳定性预测
2024-10-03 · GNN, protein, fitness-prediction
NeurIPS-2024 面向蛋白质适应度预测的多尺度表示学习
2024-09-26 · GNN, protein, fitness-prediction
Nature Biotechnology-2024 基于 RoseTTAFold 序列空间扩散的多态与功能蛋白质设计
2024-09-25 · protein, diffusion, protein-design
ICML-2024 特征复用与扩展：理解蛋白质语言模型的迁移学习
2024-06-21 · protein, PLM, transfer learning
Nature Communications-2024 PLMSearch：蛋白质语言模型驱动准确快速的远程同源序列搜索
2024-03-30 · protein, PLM, alignment
Cell Systems-2024 卷积在蛋白质序列预训练中可与 Transformer 媲美
2024-03-20 · protein, PLM, CNN, transformer
eLife-2024 基于蛋白质语言模型局部位置嵌入比对的灵敏远程同源搜索
2024-03-15 · protein, homology, PLM
Journal of Chemical Information and Modeling-2024 TM-search：高效准确的蛋白质结构数据库搜索工具
2024-01-25 · protein, structure search
ICLR-2024 SaProt：结构感知词表的蛋白质语言建模
2024-01-16 · protein, PLM
Bioinformatics-2024 基于嵌入的比对：蛋白质语言模型结合动态规划检测暮光区结构相似性
2024-01-04 · protein, PLM, alignment
2025
Nature Biotechnology-2025 蛋白质语言模型训练、共享与协作的民主化
2025-10-24 · protein
Genome Biology-2025 评估预训练 DNA 语言模型在调控基因组学中的表示能力
2025-06-14 · DNA, genomics, PLM
ICMLw-2025 ProteinCrow：能设计蛋白质的语言模型智能体
2025-05-01 · protein, Agent
arXiv-2025 规模化解锁更广泛的蛋白质生成与更深入的功能理解
2025-04-15 · GNN, protein, protein-design, transformer
arXiv-2025 Prot42：面向靶点感知蛋白质结合体生成的新型蛋白质语言模型家族
2025-04-06 · GNN, protein, protein-design
COLING-2025 AutoProteinEngine：LLM 驱动的蛋白质工程多模态 AutoML 智能体框架
2025-01-24 · protein, Agent
ICLR-2025 Boltzmann 对齐逆折叠模型预测突变对蛋白质相互作用的影响
2025-01-23 · protein, fitness-prediction, PPI
ICLR-2025 检索增强扩散模型用于结构信息抗体设计与优化
2025-01-23 · GNN, antibody
Science-2025 用语言模型模拟 5 亿年进化
2025-01-16 · protein, evolution, PLM, generative