生物信息 — 论文笔记

蛋白质模型、分子设计与生物医学 AI

2021

Human Genetics-2021 蛋白质语言模型嵌入预测保守性与变异效应

Human Genetics 生物信息 2021-12-30 protein PLM fitness-prediction

KDD-2021 基于大规模预训练语言模型的蛋白质建模

KDD 生物信息 2021-12-07 protein PLM

NeurIPS-2021 语言模型实现突变对蛋白质功能影响的零样本预测

NeurIPS 生物信息 2021-11-10 protein PLM fitness-prediction

Bioinformatics Advances-2021 轻量注意力从生命语言中预测蛋白质定位

Bioinformatics Advances 生物信息 2021-11-09 protein localization PLM

NeurIPS-2021 FLIP：蛋白质适应度景观推断基准任务

NeurIPS 生物信息 2021-10-11 protein benchmark

bioRxiv-2021 面向蛋白质设计的更通用嵌入：融合序列与结构的联合表示

bioRxiv 生物信息 2021-09-01 protein PLM fitness-prediction

Nature-2021 AlphaFold：高精度蛋白质结构预测

Nature 生物信息 2021-07-15 protein PLM structure prediction

IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence-2021 ProtTrans：通过自监督学习破译生命密码的语言

IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence 生物信息 2021-07-01 protein PLM transformer self-supervised

Proceedings of the National Academy of Sciences-2021 无监督学习扩展至 2.5 亿条蛋白质序列涌现生物结构与功能

Proceedings of the National Academy of Sciences 生物信息 2021-04-05 protein PLM

ICML-2021 E(n) 等变图神经网络

ICML 生物信息 2021-02-19 GNN

ICML-2021 MSA Transformer

ICML 生物信息 2021-02-13 protein PLM

Bioinformatics-2021 DNABERT：面向基因组 DNA 语言的预训练双向 Transformer 编码模型

Bioinformatics 生物信息 2021-02-04 DNA genomics PLM

ICML-2021 从数百万预测结构中学习逆折叠

ICML 生物信息 2021-02-02 protein inverse folding PLM GNN

ICLR-2021 用几何向量感知机从蛋白质结构中学习

ICLR 生物信息 2021-01-13 protein GNN inverse folding

2022

NeurIPS-2022 PEER：蛋白质序列理解的综合多任务基准

NeurIPS 生物信息 2022-12-01 protein benchmark PLM

bioRxiv-2022 基于结构图嵌入的快速蛋白质结构搜索

bioRxiv 生物信息 2022-11-28 protein PLM alignment

NeurIPS-2022 基于扩散生成模型的抗原特异性抗体设计与优化

NeurIPS 生物信息 2022-11-01 protein antibody diffusion GNN

PEDS-2022 用于蛋白质表示学习的掩码逆折叠与序列迁移

PEDS 生物信息 2022-10-26 protein PLM

Nature Biotechnology-2022 基于语言模型与深度学习的单序列蛋白质结构预测

Nature Biotechnology 生物信息 2022-10-03 protein PLM structure prediction

ICML-2022 Tranception：结合自回归 Transformer 与推理时检索的蛋白质适应度预测

ICML 生物信息 2022-05-27 protein PLM fitness-prediction

NAR-2022 DeepLoc 2.0：基于蛋白质语言模型的多标签亚细胞定位预测

Nucleic Acids Research 生物信息 2022-04-30 protein localization PLM

Nature Machine Intelligence-2022 用语言模型学习蛋白质功能特性

Nature Machine Intelligence 生物信息 2022-03-21 protein PLM functional prediction

Frontiers in Microbiology-2022 iThermo：基于多特征融合策略的嗜热蛋白序列识别模型

Frontiers in Microbiology 生物信息 2022-02-22 protein

ICLR-2022 用于抗体序列-结构协同设计的迭代优化图神经网络

ICLR 生物信息 2022-01-29 protein antibody GNN

ICLR-2022 OntoProtein：融合基因本体嵌入的蛋白质预训练

ICLR 生物信息 2022-01-29 protein PLM

Nature Biotechnology-2022 从进化数据与实验标注数据中学习蛋白质适应度模型

Nature Biotechnology 生物信息 2022-01-17 protein PLM fitness-prediction

2023

bioRxiv-2023 IgDesign：逆折叠实现多治疗抗原的体外验证抗体设计

bioRxiv 生物信息 2023-12-08 protein antibody inverse folding protein-design

bioRxiv-2023 用语言模型学习蛋白质序列、结构与功能表示

bioRxiv 生物信息 2023-11-26 protein PLM function MOE

Nature Biotechnology-2023 基于深度学习的蛋白质远程同源检测与结构比对

Nature Biotechnology 生物信息 2023-11-07 protein homology

NeurIPS-2023 PoET：将蛋白质家族建模为序列之序列的生成模型

NeurIPS 生物信息 2023-11-01 protein PLM fitness-prediction

EMNLP-2023 BioPlanner：自动评估 LLM 的生物学实验方案规划能力

EMNLP 生物信息 2023-10-08 Agent，LLM

NeurIPS-2023 ProteinGym：蛋白质设计与适应度预测的大规模基准

NeurIPS 生物信息 2023-09-30 protein PLM benchmark

NeurIPS-2023 预测蛋白质在百万级突变下的稳定性

NeurIPS 生物信息 2023-09-22 protein fitness-prediction

bioRxiv-2023 进化扩散生成蛋白质：序列即一切

bioRxiv 生物信息 2023-09-11 protein PLM protein-design

KDD-2023 面向抗原特异性计算抗体设计的抗体语言模型预训练

KDD 生物信息 2023-08-04 protein antibody GNN PLM

ICML-2023 端到端全原子抗体设计

ICML 生物信息 2023-06-15 protein antibody GNN

Nature Machine Intelligence-2023 面向可泛化表示学习的结构诱导预训练

Nature Machine Intelligence 生物信息 2023-06-01 pre-training PLM

Nature Biotechnology-2023 Foldseek：快速准确的蛋白质结构搜索

Nature Biotechnology 生物信息 2023-05-08 protein alignment

Science-2023 语言模型实现进化尺度的原子级蛋白质结构预测

Science 生物信息 2023-03-16 protein PLM structure prediction

Bioinformatics-2023 通过学习残基简洁局部环境实现准确高效的蛋白质序列设计

Bioinformatics 生物信息 2023-03-14 protein protein-design GNN PLM

ICLRw-2023 基于结构编码器与预训练增强蛋白质语言模型

ICLRw 生物信息 2023-03-06 PLM GNN

ICML-2023 结构信息语言模型即蛋白质设计者

ICML 生物信息 2023-02-09 protein PLM protein-design

ICLR-2023 基于 3D 等变图翻译的条件抗体设计

ICLR 生物信息 2023-02-02 protein antibody GNN

International Journal of Molecular Sciences-2023 DeepTP：嗜热蛋白预测的深度学习模型

International Journal of Molecular Sciences 生物信息 2023-01-22 protein

bioRxiv-2023 Ankh：优化的蛋白质语言模型解锁通用建模

bioRxiv 生物信息 2023-01-16 protein PLM language-model

bioRxiv-2023 当几何深度学习遇见预训练蛋白质语言模型

bioRxiv 生物信息 2023-01-05 protein PLM GNN

2024

PLOS Computational Biology-2024 大规模配对抗体语言模型

PLOS Computational Biology 生物信息 2024-12-06 protein antibody PLM

bioRxiv-2024 混合专家模型实现高效蛋白质理解与设计

bioRxiv 生物信息 2024-11-29 protein language-model

Bioinformatics-2024 专家引导的蛋白质语言模型实现准确且极速的适应度预测

Bioinformatics 生物信息 2024-11-22 protein fitness-prediction PLM

Nature Communications-2024 蛋白质序列-结构联合嵌入实现稳健的变异效应预测

Nature Communications 生物信息 2024-11-07 protein fitness-prediction PLM

Nature Computational Science-2025 几何学习与预训练策略改进蛋白质突变稳定性预测

Nature Computational Science 生物信息 2024-10-03 GNN protein fitness-prediction

NeurIPS-2024 面向蛋白质适应度预测的多尺度表示学习

NeurIPS 生物信息 2024-09-26 GNN protein fitness-prediction

Nature Biotechnology-2024 基于 RoseTTAFold 序列空间扩散的多态与功能蛋白质设计

Nature Biotechnology 生物信息 2024-09-25 protein diffusion protein-design

ICML-2024 特征复用与扩展：理解蛋白质语言模型的迁移学习

ICML 生物信息 2024-06-21 protein PLM transfer learning

Nature Communications-2024 PLMSearch：蛋白质语言模型驱动准确快速的远程同源序列搜索

Nature Communications 生物信息 2024-03-30 protein PLM alignment

Cell Systems-2024 卷积在蛋白质序列预训练中可与 Transformer 媲美

Cell Systems 生物信息 2024-03-20 protein PLM CNN transformer

eLife-2024 基于蛋白质语言模型局部位置嵌入比对的灵敏远程同源搜索

eLife 生物信息 2024-03-15 protein homology PLM

Journal of Chemical Information and Modeling-2024 TM-search：高效准确的蛋白质结构数据库搜索工具

Journal of Chemical Information and Modeling 生物信息 2024-01-25 protein structure search

ICLR-2024 SaProt：结构感知词表的蛋白质语言建模

ICLR 生物信息 2024-01-16 protein PLM

Bioinformatics-2024 基于嵌入的比对：蛋白质语言模型结合动态规划检测暮光区结构相似性

Bioinformatics 生物信息 2024-01-04 protein PLM alignment

相关开源项目

ProSST

NeurIPS 2024

结构量化与解耦注意力的蛋白质语言模型

ProtSSN

eLife 2025

序列–结构融合的零样本蛋白工程模型

VenusX

ICLR 2026

解锁蛋白质细粒度功能理解

VenusREM

ISMB/ECCB 2025

检索增强的突变效应预测

VenusFactory

ACL Demo 2025

蛋白工程一体化系统

VenusFactory2

arXiv 2026

面向蛋白发现的自演进智能体平台

ProtLOCA

IEEE BIBM 2024

仅用结构的局部几何对齐

ProtSolM

IEEE BIBM 2024

多模态蛋白质溶解度预测

VenusVaccine

ICLR 2025

面向疫苗靶点筛选的免疫原性预测

SES-Adapter

JCIM 2024

结构感知适配器增强适应度预测

PETA

J. Cheminformatics 2024

子词分词对蛋白迁移学习的影响评测

← 浏览全部笔记